Πρόκειται για ένα σύστημα περιβαλλοντικής διαχείρισης με στοιχεία συστήματος ποιότητας, το οποίο βασίζεται στην τήρηση των νομικών απαιτήσεων, την ορθολογική χρήση όλων των εισροών (νερό, λιπάσματα, φυτοπροστατευτικά προϊόντα) και την παρακολούθηση και τον έλεγχο όλων των φάσεων παραγωγής με στόχο την προστασία του περιβάλλοντος και του καταναλωτή, καθώς και την παραγωγή επώνυμων, ποιοτικών, ασφαλών και ανταγωνιστικών προϊόντων.

Ο AGROCERT έχει εκπονήσει τα πρότυπα AGRO 2.1 & AGRO 2.2, που περιγράφουν τις απαιτήσεις στις οποίες πρέπει να συμμορφώνεται μια γεωργική εκμετάλλευση, προκειμένου να πιστοποιηθεί για την εφαρμογή του Συστήματος Ολοκληρωμένης Διαχείρισης (ΣΟΔ) στην παραγωγή των προϊόντων της.

Η του έχει ως αποτέλεσμα την παραγωγή προϊόντων ανωτέρας ποιότητας με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά, ενώ η τήρηση των προδιαγραφών ελέγχεται από ανεξάρτητους Φορείς Πιστοποίησης. Οι παράγοντες στους οποίους εστιάζει την ορθολογική διαχείριση το AGRO είναι η προέλευση του σπόρου, ο χειρισμός του εδάφους, η λίπανση, η άρδευση, η φυτοπροστασία, η συγκομιδή, καθώς και οι αρχές της ιχνηλασιμότητας. Τα πρότυπα του AGRO 2 είναι το 2.1 (γενικές απαιτήσεις του συστήματος) και το 2.2 (τεχνικές και νομικές απαιτήσεις), ενώ θα πρέπει να τονιστεί ότι βρίσκουν εφαρμογή τόσο σε μεμονωμένους παραγωγούς, όσο και σε αντίστοιχες ομάδες αυτών. Οφέλη από την εφαρμογή του συστήματος αυτού είναι η διασφάλιση των αποδόσεων των καλλιεργειών, η μείωση των περιβαλλοντικών επιπτώσεων, η παραγωγή προϊόντων με μικρή επιβάρυνση από χημικές ουσίες και η απόκτηση προστιθέμενης αξίας των προϊόντων λόγω αναγνωρισμένης ποιότητας.